Fender Custom Shop изготавливают пожалуй самую привлекательную для коллекционеров будущего продукцию. Основанное в 1987 году, отделение производит небольшие партии гитар и штучные уникальные модели: обычно либо очень изощрённые винтажные переиздания, либо гибридные усовершенствованные гитары.
Без сомнения, эти гитары сильно повысили репутацию Fender. Пожалуй, доказательством этого служит то, что продавец винтажных инструментов Норман Харрис продаёт модели Custom Shop вместе с дорогостоящими винтажными гитарами: "Мы приобрели партию с необычными раскрасками, с головками грифов, покрашенными в цвет гитары, и они хорошо продаются на ряду с оригинальными гитарами 50-х, 60-х годов. Они непременно станут предметом коллекционирования в будущем".
Fender изготовили две партии моделей, ограниченного количества, в честь 40-й годовщины Stratocaster-а. В каждой гитаре серии точно передана оригинальная конструкция и двухцветная окраска. Они поставляются с редким кейсом оригинальной формы и копиями оригинальной гарантии и руководства. Всего было выпущено 1954 гитары.
Ещё более редкой гитарой является модель Custom Shop красного цвета с золотистой фурнитурой, изготовленная к 40-й годовщине Stratocaster Джеем Блэком в количестве 40 штук. Первая гитара этой серии была продана на аукционе в Лондоне за 48.000 долларов.